沼气中的有害物质主要是硫化氢，它危害人体健康，对管道阀门、灶具、锅炉及其它设备有较强的腐蚀作用。目前，国内大部分用户的沼气都没经过脱硫处理，已造成严重后果。为减轻硫化氢对锅炉、发电设备及其配套设备的腐蚀损害，延长设备使用寿命，保证人身健康，对沼气进行脱硫净化是必要的流程。

脱硫方法可分为三种：干法脱硫、湿法脱硫和生物脱硫。干法脱硫主要使用的是氧化铁脱硫剂，其特点是脱硫效率高，设备简单，适合气量较小的沼气净化；湿法脱硫有氢氧化钠和碳酸钠两种，在气量较大或硫化氢含量较高时，采用湿法脱硫最为经济；在整个脱硫行业中，生物脱硫在国内用得很少，脱硫系统造价昂贵，对国内大多数企业来说选择干法或湿法脱硫最为合适。